При комплексном районировании используется множество показателей, характеризующих различные компоненты территории, близкие понятия - ландшафтное или ландшафтно-географическое районирование. Особый интерес представляет разновидность комплексного районирования - экологическое районирование, объект которого не водоем как физико-географическое тело, а экосистема водоема, включающая в себя абиотические и биотические составляющие (последние особенно важны). Результаты хозяйственной деятельности человека, влияние населенных пунктов, расположенных по берегам водоема, также учитываются при данном виде районирования, т.е. водоем рассматривается уже как социально-экологический объект. В зависимости от типа функционирования этого объекта выделяют геоэкологическое, эколого-экономическое или же интегральное экологическое районирование [17].

Если при районировании учитываются только признаки, характеризующие современное состояние водоема, то такое районирование называется рецентным. Если же учитывается и история (происхождение, генезис) структур водоема, то районирование называется генетическим.

Можно выделить районы трех типов [31]: однородные (гомогенные), обладающие внутренним относительным однообразием; коннекционные (функциональные), объединенные какими-либо связями (они могут быть внутренне неоднородными); конфигурационные, заключенные между физическими рубежами или очерченные сетью ранее выявленных линий и точек.

Наибольший интерес представляют районы двух первых типов, которые выделяются с помощью однородного и коннекционного районирования. Принцип деления территории по однородности аналогичен принципу, лежащему в основе любой классификации, что позволяет рассматривать этот вид районирования как ее разновидность. При этом используются критерии сходства. Коннекционное районирование - выделение взаимодействующих территориальных элементов, объединенных потоками вещества, энергии и информации. Критерием объединения участков в один район служат сила их взаимодействия, плотность связи, интенсивность потоков, выраженные в той или иной форме. Следовательно, коннекционные районы могут рассматриваться как системы. Пример коннекционных районов - участки обитания различных видов рыб, включающие в себя триаду биотопов: нагульный, нерестовый и зимовальный.

Предположим, что во многих точках (станциях) водоема выполнены определенные измерения и получены некоторые характеристики. Нанося эти точки на карту и экстраполируя их характеристики на некоторую площадь, разбиваем водоем на ряд участков - первичных единиц районирования. По наиболее важному признаку эти участки делятся на несколько групп, затем по другому признаку эти группы делятся еще раз и т. д., пока не останутся участки, совпадающие по всем признакам. Каждая группа представляет собой таксон, имеющий определенный ранг. Подобно тому, как это делается в биологической систематике, низший таксон можно обозначить сначала как вид района, затем как род, семейство, класс и т.д. В каждый таксон объединены участки по сходству признаков, причем не имеет значения, где эти участки расположены. Такой вид районирования называют типологическим, поскольку здесь выделяются типы местности. Это своего рода классификация типологических единиц

Первичные единицы районирования можно объединять по принципу соседства, получая также иерархическую структуру все большей площади. Например, для Рыбинского водохранилища объединяют сначала участки, расположенные на определенном протяжении затопленного русла Волги, затем участки право- и левобережной пойм. Эти три более крупных участка образуют район, названный верхней частью Волжского плеса. Плес состоит из верхней, нижней и средней частей, а все четыре плеса образуют Рыбинское водохранилище. Такое районирование называют индивидуальным (региональным). Его единицы имеют определенные пространственные координаты и в отличие от единиц типологического районирования могут иметь собственное имя - географическое название.