И, тем не менее, актуальность создания действенных зон в России не вызывает колебаний, по ряду обстоятельств она даже увеличивается. Новейшие аргументы в пользу свободных экономических зон только возрастают и приобретают все большее значение. Наконец, центр тяжести проводимых реформ перемещается из центра в регионы, что требует и проведения эффективной региональной политики, от чего, в свою очередь, зависит не только судьба реформ, но и целостность страны. При умелом использовании свободные экономические зоны выступают как принципиальный элемент региональной политики во внешнеэкономических отношениях. Но вместе с тем они являются обоюдоострым орудием, что важно компетентно учитывать.

Второй этап развития свободных экономических зон наступил уже в 1990-х годах. После принятия парламентом и правительством решений о создании зон свободного предпринимательства в стране появилось 19 экстерриториальных экономических образований, в дальнейшем к ним прибавилось еще несколько.В конце 1991-начале 1992 годов, когда российское руководство приняло курс на широкое открытие экономики в целях ее стабилизации, выборочная либерализация предпринимательского климата на уровне отдельных зональных территорий во многом лишалась своего смысла. Принятые в этот период в Российской Федерации нормативно-правовые акты по регулированию внешнеэкономической деятельности не предусматривали должных изъятий применительно к зональным территориям. И хотя действовавшие в зонах статусные положения формально никто не отменял, налоговые службы истолковали их как утратившие силу, что фактически упраздняло значительную часть ранее предоставленных зонам льгот.Такая неопределенность в законодательно-правовом положении СЭЗ вызвала беспокойство иностранных инвесторов, расценивших сложившуюся ситуацию как принципиальный отход правительства от линии на создание зон. Это, а также просьба руководителей зональных администраций (официальное обращение в федеральные органы власти весной 1992 г.) гарантировать действие ранее введенной в зонах системы льгот способствовали выходу в июне 1992 г. указа президента. В этом указе было подтверждено действие прежних зональных преференций для иностранных предприятий и предприятий с иностранными инвестициями, сохранены отдельные льготы в области внешнеэкономической деятельности для российских предприятий и даже предусмотрены некоторые общие дополнительные льготы, нацеленные на облегчение финансирования объектов инфраструктуры в зонах. Предоставление для этих целей бюджетных кредитов, направление в специальные зональные фонды части средств от приватизации федеральной собственности и др. Принятие указа способствовало тому, что в отдельных зонах (Находка, Калининград) началась практическая разработка стратегии развития территории и конкретных инвестиционных проектов по ее обустройству.Тем не менее, к началу 1993 г. в правительстве возобладала линия на ликвидацию "суперзон". Подготовленный проект Закона РФ "О свободных экономических зонах" предусматривал формирование преимущественно микрозон двух разновидностей - свободных таможенных зон и зон экспортного производства. В основу отбора зональных территорий был положен принцип сочетания их выгодного географического положения с минимизацией затрат на их инфраструктурное обустройство, что обосновывалось необходимостью более реалистичного подхода к масштабности зональных проектов. На фактическое закрытие ранее созданных зон были направлены решения, принятые в июне 1993 г.: законодательное урезание предоставленных зонам таможенных льгот (Закон РФ "0 таможенном тарифе") и очередная отмена налоговых преференций (письмо ГНС и Минфина РФ). И хотя иностранным инвесторам указом президента были даны гарантии по сохранению прежних условий деятельности на три года вперед, над зонами нависла атмосфера бесперспективности.