Шмоллер является одним из выдающихся представителей немецкой исторической школы в политической экономии, именно той фракции, которая известна под названием реалистической или историко-этической школы. В своих экономических трудах он первый сделал широкое приложение исторического метода, теоретически обоснованного Гильдебрандом, Книсом и Рошером. Он считал, что созданию экономической теории должно предшествовать конкретно-историческое исследование хозяйственных инвалидов, развития техники, социальных институтов… Шмоллер был одним их немногих ученых, занявшихся изучением экономике в Германии на микроуровне. Объектом его исследования стали объекты мелкой индустрии, ремесленные корпорации. Гораздо меньшее значение он придавал вопросам торговли. Шмоллер констатировал: «В торговом праве сыграло первостепенную роль установления свободы торговли, повлекшее за собою изменение к лучшему условий экономической жизни» Шмоллер был одним из главных организаторов исследований в социальных науках. Известно, что под его руководством проходили почти все важные научные совещания по экономике в Германии. Он был одним из инициаторов состоявшегося в 1872 г. в Эйзенахе первого съезда германских профессоров-экономистов, на котором было положено основание в германской экономической науке новой реалистической школы и нового направления социальной политики, получившего вскоре у противников название катедер-социализма. В своей вступительной речи при открытии эйзенахского съезда Шмоллер наметил главные черты новой социальной программы, разработку и пропаганду которой взяло на себя учрежденное на втором эйзенахском съезде в 1873 г. "Общество социальной политики". Указав на существующую страшную пропасть между имущими и неимущими классами и на угрожающую отсюда опасность социальной революции, Шмоллер категорически заявил, что господствующая ныне классическая экономическая система с ее требованием полного невмешательства государства в экономическую жизнь не отвечает назревшим потребностям социальной реформы.

Когда К. Менгер (австрийский теоретик предельной полезности) стал критиковать точку зрения Шмоллера и настаивал на необходимости применения точных методов естественных наук и абстрактной логической аргументации к политической экономии, началась так называемая "Битва методов". Эта борьба захватила два поколения немецких экономистов, породила огромное количество литературы и однозначно воспринималась экономистами-теоретиками следующего поколения как "история зря потраченных сил" (Шумпетер). Однако она может также рассматриваться, как выражение стремления сохранить продуктивное понимание исторической и изменчивой природы экономических и социальных явлений в противовесе с упрощенным и механистическим подходам с точки зрения законов "рационального" поведения, и по существу она оказала большое влияние на развитие сопряженных дисциплин, особенно социологии. Шмоллер считал, что социальные катаклизмы могут сыграть не только положительную роль двигателя прогресса, но и привести к гибели государства. Поэтому необходимо делать все, что способно смягчить социальную несправедливость (выработать фабричное законодательство, ввести страхование рабочих). Но главное – выработать общегосударственную идеологию, которая сплотит нацию: «Постепенно общие чувства и великие национальные задачи обрисовываются яснее, авторитет государственной организации усиливается и интересы отдельных классов принуждаются к подчинению одних другими к соглашению»

По мнению Шмоллера, чрезвычайно важно, чтобы формирование экономической теории в целом осуществлялись на основе знания достоверных исторических фактов и материала. Он пропагандировал отчасти междисциплинарный подход, который бы позволил учесть психологические, социологические и философские аспекты проблем. Путем подробного и монографического исторического исследования он намеревался освободить политическую экономию от "ложных абстракций", и поместить ее на твердой эмпирической основе. Его наиболее важными работами были труды по истории Страсбургской Гильдии ткачей (1879), о гильдиях в Бранденбурге и Пруссии 17-го и 18-го веков, о шелковой прусской индустрии в 18 веке, по истории прусской финансовой политики, а также по истории немецких городов вообще и Страсбурга в частности.

В дальнейшем он внес значительный вклад в изучение меркантилизма, который по существу рассматривал как процесс формирования национального государства и народного хозяйства. Принятие политики меркантилизма имело особое значение для Германии, чью отсталость в 17-м и 18-м веках Шмоллер приписывал отсутствию централизованного народного государства и, как следствие, доминированию частных региональных и местных интересов. Шмоллер рассматривал просвещенных и властных правителей как единственную силу, которая способна осуществлять политику, нацеленную на разрушение этих сепаратистских настроений. Важным шагом в этом направлении было аннулирование городской автономии после 1713 г., при Фридрихе Вильгельме I. Это прославление прусского государства и его правителей было, вероятно, наиболее характерной чертой работы Шмоллера. Он рассматривал прусскую монархию с ее корпусом преданных слуг государства, основным достижением немецкой истории. Только такой вид управления позволял преодолеть раннефеодальную корпоративность государства и способствовал в то время обеспечению проведения социальных реформ. Социальные реформы и общественная справедливость имели, по мысли Шмоллера, центральное значение. Можно рассматривать его как консерватора в специфическом немецком, а точнее, прусском смысле этого слова. Он отвергал манчестерский либерализм, а также реакционные, антиреформистские взгляды. Относясь отрицательно к социалистическим теориям в духе Маркса, Шмоллер намечает ряд мер (целесообразное фабричное законодательство, страхование рабочих и т.п.), направленных к постепенному улучшению положения рабочих классов и смягчения социальной несправедливости.