Данный Закон, следуя указанным международным стандартам, устанавливает шесть методов определения таможенной стоимости, основным из которых является метод по цене сделки с ввозимыми товарами. В случае если основной метод не может быть использован, применяется один за другим каждый из последующих методов: по цене сделки с идентичными товарами, по цене сделки с однородными товарами, вычитания стоимости, сложения стоимости, резервный метод. Однако методы вычитания и сложения стоимости могут применяться в любой последовательности.

Нововведением в порядок заявления таможенной стоимости является детализация процедуры разрешения ситуации, когда таможенные органы имеют серьезные основания сомневаться в правильности таможенной оценки товара. Закон РФ «О таможенном тарифе» предусматривает право декларанта в этом случае доказать достоверность заявленных им сведений по таможенной стоимости, в том числе представив дополнительные сведения и документы (п. 2 ст. 15). Если декларант не представляет доказательств достоверности заявленной им стоимости для таможенных целей либо дополнительно представленные сведения также не являются удовлетворительными, таможенный орган вправе самостоятельно определить таможенную стоимость декларируемого товара, последовательно применяя методы определения таможенной стоимости (п. 2 ст. 16 Закона). К данному порядку ТК РФ добавляет возможность активного диалога между декларантом и таможенным органом, в рамках которого путем проведения консультаций и анализа имеющейся у сторон информации возможно выяснение приемлемого метода определения таможенной стоимости (п. 5 ст. 323 ТК РФ). При этом сокращен с трех месяцев (п. 3 ст. 16 Закона) до десяти дней (п. 3 ст. 23 ТК РФ) срок сообщения причин решения по таможенной стоимости в случае его самостоятельного принятия таможенным органом.

При определении таможенной стоимости следует обратить внимание на положения ст. 105 ТК РФ. В соответствии с указанной статьей товары, пришедшие в негодность, испорченные или поврежденные вследствие аварии или действия непреодолимой силы в период их временного хранения, подлежат помещению под определенный декларантом таможенный режим, как если бы они были ввезены на таможенную территорию РФ в негодном, испорченном или поврежденном состоянии. Данная норма отсутствует в Законе РФ «О таможенном тарифе», что влекло за собой несправедливое взимание таможенных платежей в указанных случаях в полном объеме.

Закон РФ «О таможенном тарифе», устанавливающий методы определения таможенной стоимости товаров, распространяет их исключительно на ввозимые товары. Вместе с тем порядок определения таможенной стоимости вывозимых товаров, утвержденный на основании п. 2 ст. 12 данного Закона Постановлением Правительства РФ от 7 декабря 1996 г. №1461 «О порядке определения таможенной стоимости товаров, вывозимых с таможенной территории Российской Федерации», сохраняет основные принципы. Таможенная стоимость вывозимых товаров также определяется на основе цены сделки, т.е. цены, фактически уплаченной или подлежащей уплате за товар при продаже товаров на экспорт. При этом в таможенную стоимость вывозимых товаров включаются расходы, понесенные покупателем, но не включенные в фактически уплаченную или подлежащую уплате цену сделки (комиссионные и брокерские вознаграждения, стоимость упаковки, включая стоимость упаковочных материалов и работ по упаковке, лицензионные и иные платежи за использование объектов интеллектуальной собственности, которые покупатель прямо или косвенно должен осуществить в качестве условия покупки вывозимых товаров, и др.).

Если товары экспортируются не в соответствии со сделкой купли-продажи или в случае невозможности использования цены сделки купли-продажи в качестве основы для определения таможенной стоимости, эта стоимость определяется исходя из данных бухгалтерского учета продавца-экспортера: