В отличие от иных налогов таможенная пошлина ориентирована не только на правоотношения государства и налогоплательщиков, но и непосредственно затрагивает интересы отечественных производителей в стимулируемых отраслях экономики, делая их товары более конкурентоспособными за счет увеличения стоимости иностранных товаров того же вида.

Изъятие из общих принципов налогообложения в отношении таможенной пошлины содержится непосредственно в НК РФ, который устанавливает возможность дифференциации ее ставок в зависимости от страны происхождения товаров (п. 2 ст. 3). В соответствии с Таможенным тарифом дифференциация ставок таможенной пошлины применяется также в зависимости от конечного потребителя, целей использования товаров, что НК РФ не предусматривает. Исключение таких инструментов таможенно-тарифного регулирования поставило бы РФ в невыгодное положение по сравнению со странами, являющимися ее торговыми партнерами.

Состав элементов налогообложения (отсутствие налогового периода), порядок исчисления, порядок и сроки уплаты таможенной пошлины отличаются от общих положений, установленных в отношении остаточных налогов. Сама роль таможенных органов отличается от роли налоговых органов при исчислении обязательных платежей. Таможенное законодательство предусматривает право таможенных органов на принятие решений по классификации товаров в соответствии с ТН ВЭД России, обязательных для лица, ответственного за уплату таможенных пошлин, налогов, что непосредственно влияет на размер подлежащей уплате суммы таможенных платежей. НК РФ такие полномочия исключает.

Для определения размера подлежащей уплате таможенной пошлины в отношении конкретного товара необходимо знать ее ставку. Это, в свою очередь, требует отнесения товара к тому или иному классификационному коду в соответствии с ТН ВЭД России, утвержденной Постановлением Правительства РФ от 30 ноября 2001 г. №830. Товарная номенклатура представляет собой перечень товаров с их описанием и присвоением каждому из них соответствующего цифрового кода. ТН ВЭД России имеет международную основу - Международную конвенцию о Гармонизированной системе описания и кодирования товаров, заключенную в Брюсселе 14 июня 1983 г., участницей которой наряду с более чем 100 государствами является РФ.

РФ является также участницей Соглашения о единой Товарной номенклатуре внешнеэкономической деятельности Содружества Независимых Государств, подписанного 3 ноября 1995 г. в Москве правительствами государств - участников СНГ. В отличие от ТН ВЭД СНГ, в которой используются 9-значные кодовые обозначения, классификационный код товара по ТН ВЭД России представляет собой 10-значный набор цифр. Причина такого изменения состоит в том, что все позиции, в которых товары в соответствии с ТН ВЭД СНГ фактически определялись не кодами, а текстовым описанием, переведены в основную структуру и получили самостоятельные 10-значные кодовые обозначения. ТН ВЭД России представляет собой производную от действовавшей до апреля 2000 г. ТН ВЭД СНГ. При этом 9-значная ТН ВЭД СНГ сохраняется в качестве международной основы 10-значной ТН ВЭД России.

ТН ВЭД России содержит более 11,5 тыс. товарных позиций, 97 товарных групп и предусматривает базовый принцип классификации - каждому товару должен соответствовать только один-единственный код. Ситуация, при которой для одного предпринимателя избирается один код, а для другого предпринимателя по тому же товару - иной код, исключается самой логикой построения ТН ВЭД России.

По общему правилу определение и заявление классификационного кода товаров возлагаются на декларанта и производятся им при декларировании товаров (ст. 40 и 124 ТК РФ).

Каждому классификационному коду товаров соответствует ставка таможенной пошлины, свод которых представляет собой Таможенный тариф. Согласно п. 2 ст. 3 Закона РФ «О таможенном тарифе» ставки ввозных таможенных пошлин в пределах, установленных данным Законом, определяются Правительством РФ.