Сближение и сращивание национальных хозяйств приводит к существенному пересмотру подходов к развитию многих отраслей национальной экономики в каждой стране и необходимости координации и приспособления внутренних рынков к возникающим общим интересам стран - участниц интеграционного объединения. В этой связи появляется необходимость повышения уровня регулирования межгосударственных хозяйственных связей путем ограничения суверенитета каждого государства и создания наднациональных органов управления, в функции которых входит разработка, координация и контроль отдельных сфер экономик стран - участниц интеграционных объединений.

В то же время, уступая часть своего суверенитета, интегрирующиеся государства как бы приобретают в общее пользование часть суверенитета других государств. При этом предметом острых противоречий обычно остается определение допустимых пределов делегирования экономического и политического суверенитета в коллективное пользование. В частности, обязанность интегрирующегося государства приводить свои технические нормы и стандарты в соответствие со стандартами, принятыми в интеграционном объединении, может наносить существенный материальный ущерб национальным фирмам, поставлявшим продукцию на местный рынок.

Национальные стандарты защищали производителей от иностранных конкурентов, продукция которых по таможенным правилам должна была соответствовать стандартам страны-импортера.

Примером ограничения суверенитета государств в использовании технических норм и стандартов по своему усмотрению могут служить правила ЕС, в соответствии с которыми правительства стран - членов Союза обязаны посылать в Комиссию Европейского союза (КЕС) для утверждения все законы, касающиеся технических стандартов. В случае несоответствия национальных технических стандартов нормам ЕС и отказа правительства привести их в надлежащее соответствие с этими нормами КЕС передает дело на рассмотрение в другой наднациональный орган - Суд Европейского союза.

Ограничения суверенитета интегрирующихся государств могут наносить существенный ущерб целым отраслям производства этих стран. Так, условиями договора о таможенном союзе, заключенного между Европейским союзом и Турцией в 1995 г., предусматривалось устранение барьеров (тарифов) во взаимной торговле. Если для экономики Турции в целом этот договор был благоприятным, так как давал возможность получать от ЕС льготные займы и безвозмездные ссуды, то автомобильная промышленность ее, ранее защищенная 40%-ным протекционистским тарифом, понесла большие потери от наплыва в страну западноевропейских автомобилей.

Примером защиты своего суверенитета в проведении независимой национальной политики в денежно-кредитной сфере может служить отказ Великобритании, Греции, Дании и Швеции от присоединения к введению единой общеевропейской валюты - евро - в рамках экономического и валютного союза стран - членов ЕС с 1 января 1999 г

По мнению ряда экспертов ВТО, преференциальные соглашения внутри международных экономических интеграционных объединений порой серьезно подрывают главное правило ГАТТ/ВТО - взаимное предоставление (глобальное) странам-членам режима наибольшего благоприятствования. Преференциальные взаимные соглашения между членами интеграционных региональных группировок могут игнорировать его, легально предоставляя партнерам по группировке значительно большие торговые льготы, чем другим странам - членам ГАТТ/ВТО. Кроме того, государства - члены интеграционных объединений порой применяют антидемпинговые меры и "добровольные" ограничения экспорта к предприятиям третьих стран в обход норм ГАТТ/ВТО.

В то же время, по мнению многих исследователей, противоречия между глобализацией и регионализацией не являются непреодолимыми. "Современный регионализм вполне совместим с многосторонностью", - полагает один из видных теоретиков в области изучения мировой торговли, профессор экономики Колумбийского университета (США) Джагдиш Бхагвати. Практически все участники интеграционных процессов заявляют о своей приверженности принципам ВТО, открытости и недискриминационности торгово-экономических отношений и образований.