Отдельный вопрос функционирования субъектов Федерации – это организация работы закрытых административно-территориальных образований (ЗАТО). В России их всего 45. Во многих из них сосредоточен лучший научно-технический потенциал страны, и с целью его сохранения для ЗАТО принимаются специальные льготные условия деятельности. У ЗАТО свой бюджет, и поэтому даже бюджеты субъекта РФ и ЗАТО формируются параллельно. Соответственно, в ЗАТО несколько другая система управления.