Важнейшей экономической проблемой франчайзинга в России становится отсутствие стабильности. Если вернуться к определению франчайзинга, то это в первую очередь система отношений, закрепленная опять-таки системой договоров. Естественно, что подобная система, к тому же объединяющая экономически независимых предпринимателей, становится инерционной. Последнее десятилетие XX века, в котором началось ускоренное развитие франчайзинга в России, отличалось отсутствием стабильности в экономике, постоянными скачками в развитии экономики страны, что приводило к таким же резким колебаниям спроса на все виды товаров, регулярными переделами собственности, что не могло не задевать франчайзи. Учитывая, что многие из них вынуждены из-за нехватки собственных средств открывать свои предприятия в арендуемых помещениях, перемена владельца отрицательно влияет на работу как франчайзи, так и франчайзинговой системы в целом. Переделы рынков, причем очень часто нерыночными методами, также могут снижать эффективность франчайзинговых систем. Франчайзинг, как уже неоднократно отмечалось, строится на взаимодействии двух типов самостоятельных предпринимателей - франчайзера и франчайзи, каждый из которых является самостоятельным юридическим лицом. Следовательно, не только франчайзер, но и франчайзи должны вкладывать в развитие системы свой стартовый капитал. Если учесть, что франчайзи должен вносить разовую франшизную плату (паушальный платеж), то стартовый капитал франчайзи должен быть достаточно большим. К сожалению, далеко не все отечественные предприниматели обладают подобным капиталом. Попытка получить стартовый капитал в виде банковского кредита также сталкивается с рядом проблем: уровень доходности франчайзи, с учетом всех регулярных платежей (роялти, отчисления в централизованный рекламный фонд и другие платежи), может привести к тому, что срок возврата кредита будет достаточно большим, а если учесть действующие ставки кредита, и вовсе невозможным; существующая правовая система еще больше затрудняет кредитование франчайзи.