Политическая экономия наука специфическая, что обусловлено особой специфичностью её предмета исследования. Следовательно, и методы ее исследования должны быть специфичны. Политическая экономия, в отличие от естественных и точных наук, таких как физика, химия, математика, не может использовать в своих исследованиях экспериментальные методы, не может проводить опыты в искусственно созданных лабораторных условиях, где устраняются всяческие побочные явления, мешающие чистоте проводимого исследования. «При анализе экономических форм, - указывал К.Маркс, - нельзя пользоваться ни микроскопом, ни химическими реактивами. То и другое должна заменить сила абстракции». Действительно, кажется очень сомнительным, вернее, практически невозможным, провести политико-экономический эксперимент в рамках мирового хозяйственного механизма. Хотя, мы знаем примеры, когда такие эксперименты проводились в масштабах отдельного государства или группы государств. Но они имели весьма плачевные последствия. Теоретические ошибки в политической экономии чреваты масштабными, разрушительными, или даже, гибельными последствиями. Поэтому, наиболее актуальным и востребованным в политической экономии является метод научной абстракции

Экономический эксперимент можно и нужно проводить на отдельных хозяйственных единицах или на группе таких единиц. Например, можно проводить эксперименты в области организации труда, организации производства, но все равно, нет никакой гарантии, что результаты таких опытов будут реально отражать реакцию всего хозяйственного механизма на эти мероприятия. Поэтому экспериментальные методы в политической экономии несколько ограниченны в своем использовании.

Методом марксистской политической экономии был провозглашен диалектический материализм. Несомненно, политическая экономия должна использовать в своих исследованиях философские знания, каждая теория в политической экономии имеет под собой философский фундамент, но философскими методами отнюдь не исчерпывается количество методов исследования политической экономии. Политическая экономия вобрала в себя знания из многих отраслей науки, она сама состоит из целого комплекса научных дисциплин, и, следовательно, использует в своих исследованиях все методы, применяемые в этих науках. Так, в политической экономии очень широко используются математические методы экономического анализа и статистические методы. Роль статистического анализа экономических явлений трудно переоценить. Человек, обладающий аналитическим и математическим мышлением, с помощью набора сухих статистических данных может делать определенные интересные научные выводы, находить экономические закономерности развития.

Экономику очень часто сравнивают с живым организмом. Функционирование экономического организма, действительно, очень похоже на функционирование живого организма (производство – сердце, деньги – кровеносная система). Поэтому многие ученые используют в своих исследованиях теоретические методы ботаники, биологии, медицины и т.д. Однако трудно представить политического экономиста со скальпелем в руках и использование данных методов является, чаще всего, чисто аллегорическим.

Нельзя говорить о существовании в политической экономии какого-либо единого универсального метода исследования. Политическая экономия использует огромный набор различных методов. Каждый ученый волен использовать любой из них, какой посчитает наиболее подходящим для целей своего исследования. Главное, чтобы его теории и открытия были доказуемы и не вступали в противоречие с элементарной логикой. Политическая экономия не терпит подтасовки фактов или догматизации. Разнообразие и специфичность методов политической экономии отличает эту науку от всех других наук, но одновременно делает ее уязвимой для различного рода шарлатанов и авантюристов.