Региональные таможенные управления, таможни и таможенные посты действуют на основании общих или индивидуальных положений, утверждаемых федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным в области таможенного дела. Таможенные посты могут не обладать статусом юридического лица.

В систему таможенных органов также входят не являющиеся правоохранительными органами учреждения, которые находятся в ведении федерального органа исполнительной власти, уполномоченного в области таможенного дела, для обеспечения деятельности таможенных органов.

Таможенные органы выполняют следующие основные функции:

1) осуществляют таможенное оформление и таможенный контроль, создают условия, способствующие ускорению товарооборота через таможенную границу;

2) взимают таможенные пошлины, налоги, антидемпинговые, специальные и компенсационные пошлины, таможенные сборы, контролируют правильность исчисления и своевременность уплаты указанных пошлин, налогов и сборов, принимают меры по их принудительному взысканию;

3) обеспечивают соблюдение порядка перемещения товаров и транспортных средств через таможенную границу;

4) обеспечивают соблюдение установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации о государственном регулировании внешнеторговой деятельности и международными договорами Российской Федерации запретов и ограничений в отношении товаров, перемещаемых через таможенную границу;

5) обеспечивают в пределах своей компетенции защиту прав интеллектуальной собственности;

6) ведут борьбу с контрабандой и иными преступлениями, административными правонарушениями в сфере таможенного дела, пресекают незаконный оборот через таможенную границу наркотических средств, оружия, культурных ценностей, радиоактивных веществ, видов животных и растений, находящихся под угрозой исчезновения, их частей и дериватов, объектов интеллектуальной собственности, других товаров, а также оказывают содействие в борьбе с международным терроризмом и пресечении незаконного вмешательства в аэропортах Российской Федерации в деятельность международной гражданской авиации;

7) осуществляют в пределах своей компетенции контроль за валютными операциями резидентов и нерезидентов, связанными с перемещением товаров и транспортных средств через таможенную границу, в соответствии с валютным законодательством Российской Федерации и принятыми в соответствии с ним нормативными правовыми актами органов валютного регулирования;

8) ведут таможенную статистику внешней торговли;

9) обеспечивают выполнение международных обязательств Российской Федерации в части, касающейся таможенного дела, осуществляют сотрудничество с таможенными и иными компетентными органами иностранных государств, международными организациями, занимающимися вопросами таможенного дела;

10) осуществляют информирование и консультирование в области таможенного дела, обеспечивают в установленном порядке государственные органы, организации и граждан информацией по таможенным вопросам;

11) проводят научно-исследовательские работы в области таможенного дела.

Эти функции возложены на таможенные органы в связи с тем, что при пересечении таможенной границы товарами и транспортными средствами имеется возможность собрать в одном месте , в одном органе всю необходимую для принятия обоснованных решений информацию о перемещаемых товарах и сами эти товары, сопоставить имеющиеся в документах сведения с фактическими данными о товарах, обнаружить случайные или умышленные несоответствия между двумя видами данных, зафиксировать их ,исправить ошибки и предотвратить возможный ущерб для государства, выяснить и устранить причины и условия появления нарушений законов и таможенных правил, принять меры по устранению причастных к ним лиц, дать юридическую квалификацию этих нарушений.