Основными проблемами отрасли в виду вступления России в ВТО являются соблюдение прав на интеллектуальную собственность и совершенствование тарифного и нетарифного регулирования импорта фармацевтической продукции. Значительное количество нарушений в области соблюдения прав на интеллектуальную собственность, в том числе рост фальсификации лекарственных средств делает Россию уязвимой с точки зрения присоединения к ВТО. В области тарифного регулирования импорта одной из возможных проблем является превышение импортных пошлин на субстанции над пошлинами на готовые лекарственные средства, что в свою очередь делает невыгодным производство готовой продукции в России. В области нетарифных ограничений необходимо дальнейшее совершенствование сертификации и лицензирования продукции, роль которых в государственном регулировании фармацевтического рынка неизменно растет.

Приоритетом для отечественных производителей должно стать более активное взаимодействие с передовыми западными компаниями по освоению высокодоходных и высокотехнологичных сегментов рынка, значение которых возрастает с увеличением благосостояния российского населения.

В России традиционно развит лесопромышленный комплекс, так как она выступает ведущим экспортёром продукции с низкой степенью переработки, конкурентоспособной в странах Северной Европы и Азиатско-Тихоокеанского региона. При вступлении России в ВТО экспортные позиции крупных предприятий лесопромышленного комплекса будут сохранены. В то же время можно ожидать роста импорта продукции глубокой переработки. В настоящее время большая часть лесозаготовительных и перерабатывающих предприятий нерентабельна. Ситуация может быть исправлена за счёт притока зарубежных инвестиций [25, с. 143].

В легкой промышленности наблюдается ситуация, когда предприятия не справляются с возрастающей конкуренцией со стороны стран-импортёров. Доля российской продукции на внутреннем рынке в 3 раза ниже доли импортной продукции, при этом доля импортной продукции, ввозимой контрабандой, очень велика. Снижение и отмена импортных пошлин на технологическое оборудование позволит ускорить модернизацию производства и повысить конкурентоспособность продукции [25, с. 144].

Подводя итог ко всему вышеизложенному, стоит заметить, что процесс присоединения России к ВТО является неотъемлемой частью структурной перестройки российской промышленности. Воздействие процесса либерализации носит дифференцированный характер. Если для экспортных отраслей (прежде всего - для отраслей ТЭК) важное значение имеет режим экспортных пошлин, то для фармацевтической промышленности первостепенное значение имеет разработка средств нетарифного регулирования внешней торговли, для автомобилестроения - совершенствование таможенно-тарифной политики, а для черной металлургии - приведение режима субсидирования в соответствие с требованиями ВТО.

Однако, несмотря на различие приоритетных сфер развития торговой политики, по отношению к данным отраслям существует ряд общих факторов развития с точки зрения выполнения требований ВТО. Наиболее важным является несоответствие регулирования ряда отраслей требованиям ВТО. Это относится к регулированию режима иностранных инвестиций в автомобилестроении (в части соглашения по ТРИМС), а также нарушениям норм ТРИПС в фармацевтике.

Важно также отметить и некоторые изменения в статистических показателях, влияние на которых оказал мировой финансовый кризис. Промышленное производство в России в первом квартале 2009 г. сократилось на 14,3% по сравнению с аналогичным прошлогодним периодом [46]. Падение отмечается по большинству видов деятельности. Добыча полезных ископаемых уменьшилась на 3,8%, в том числе добыча нефти - на 1,3%, природного газа - на 14,7%, железной руды - на 26,9%. Производство и распределение электроэнергии, газа и воды упало на 5,1%. Но больше всего в России пострадала обрабатывающая промышленность: за январь-март она рухнула на 20,8%. Эксперты расходятся во мнении относительно того, когда в российской промышленности может наступить перелом. Одни надеются на положительную динамику во втором квартале: эффект дадут антикризисные меры правительства. Другие аналитики утверждают, что ситуация еще ухудшится, так как до сих пор динамику производства поддерживал спрос со стороны предприятий и граждан, вкладывавших обесценивающиеся рубли в товары. Однако сбережения у населения уже заканчиваются, иссякают средства и у предприятий.