Межгосударственную организационную структуру ВТО возглавляет Министерская конференция, объединяющая представителей всех участников Торговой организации. Сессии этого органа собираются как минимум один раз в два года. Конференция обладает всеми правами ВТО, может осуществлять все ее функции и принимать все решения.

В подчинении Министерской конференции находится Генеральный совет, который отвечает за выполнение текущей работы и собирается несколько раз в год в штаб-квартире в Женеве в составе представителей членов ВТО, обычно послов и глав делегаций стран-участниц. В ведении Генерального совета также находятся два специальных органа: по анализу торговой политики и по разрешению споров (механизм урегулирования споров в рамках ВТО представлен в Приложении 2). Кроме того, Генеральному совету подотчетны комитеты по торговле и развитию; по ограничениям, связанным с торговым балансом; по бюджету, финансам и административным вопросам. Он делегирует функции трем советам, находящимся на следующем уровне иерархии ВТО: Совету по торговле товарами, Совету по торговле услугами и Совету по торговым аспектам прав интеллектуальной собственности.

Совет по торговле товарами, в свою очередь, руководит деятельностью специализированных комитетов, осуществляющих контроль за соблюдением принципов ВТО и выполнением соглашений ГАТТ-1994 в сфере торговли товарами. Совет по торговле услугами осуществляет контроль за выполнением соглашения ГАТС. В его составе находятся Комитет по торговле финансовыми услугами и Рабочая группа по профессиональным услугам. Совет по торговым аспектам прав интеллектуальной собственности, помимо осуществления контроля за выполнением соответствующего соглашения, занимается также вопросами предотвращения возникновения конфликтов, связанных с международной торговлей поддельными товарами [48].

Еще одним важным органом ВТО является его Секретариат, который базируется в Женеве и имеет около 500 штатных сотрудников. Возглавляет его Генеральный директор, назначаемый, в свою очередь Министерской конференцией. Секретариат ВТО, в отличие от подобных органов других международных организаций, не принимает решений, так как эта функция возлагается на сами страны-члены. Основные обязанности Секретариата - обеспечивать техническую поддержку различным советам и комитетам, а также Министерской конференции, оказывать техническое содействие развивающимся странам, проводить анализ мировой торговли и разъяснять положения ВТО общественности и средствам массовой информации. Секретариат также обеспечивает некоторые формы правовой помощи в процессе разрешения споров и консультирует правительства стран, желающих стать членами ВТО.

Бюджет Организации утверждается Министерской конференцией (Генеральным советом) и формируется из взносов стран-членов. Соглашение об учреждении ВТО устанавливает, что в этой области ВТО будет продолжать практику ГАТТ, где взнос каждой страны был пропорционален ее доле участия в международной торговле.

Ежегодно в штаб-квартире ВТО проводится до 2000 заседаний. Это означает резкое увеличение нагрузки на персонал миссий стран-членов ВТО, расположенных в Женеве. В итоге страны с малочисленным персоналом оказались в сложном положении. Их представители вряд ли могли активно участвовать во всех этих совещаниях и заседаниях. Известно, что около 60 государств, вообще, оказались не в состоянии по финансовым соображениям иметь свои представительства в Женеве [19, с. 47]. Крупные же государства получили на этом этапе немалые преимущества активного участия в деятельности ВТО.