Государственные внебюджетные фонды как общественные институты и как составная часть системы финансов появились в Российской Федерации относительно недавно и находятся в состоянии развития. Поэтому деятельность фондов сопряжена с целым рядом проблем и не обходится без недостатков.

Одной из самых серьезных проблем в деятельности Пенсионного Фонда является проблема инвестирования пенсионных денег. В настоящее время пенсионная система России испытывает существенные трудности в части рационального использования средств пенсионных накоплений в системе обязательного пенсионного страхования. Причина трудностей кроется в отсутствии достаточного количества инвестиционных инструментов, способных одновременно удовлетворить требование законодательства по инвестированию пенсионных накоплений и требование страховщиков по необходимой минимальной доходности для сохранения покупательной способности пенсии [20, с.56].

Решение возникшей проблемы возможно двумя путями. Первый – это снижение требований законодательства к надежности финансовых инструментов и тем самым расширение базы инвестиционных инструментов для использования пенсионной индустрии. Второе – это развитие рынка финансовых активов, способных в полной мере удовлетворить потребности пенсионных фондов для инвестирования пенсионных накоплений.

Также в настоящее время существует проблема невысокого уровня пенсионного обеспечения. Во втором квартале 2006 г. средний размер пенсии составлял 2728 руб. и превысил прожиточный минимум пенсионера всего на 13, 7% [19, с.52]. При этом, если рассмотреть распределение пенсионеров по уровню получаемой пенсии, то оказывается, что доходы выше прожиточного минимума имеет только треть из них. В то же время надо сказать, что средний размер назначенной пенсии не отражает фактического уровня пенсионного обеспечения.

С 2005 г. к проблемам, связанным с невысоким уровнем пенсионного обеспечения, добавилась проблема нестабильного финансового состояния самой пенсионной системы. Вызвано это было, прежде всего, снижением с 1 января 2005 г. ставки единого социального налога (с 26% до 20%). Проведенные исследования показывают, что в условиях действующего законодательства неблагоприятные тенденции в пенсионной системе будут нарастать.

Что касается проблем, связанных с функционированием Фонда социального страхования, прежде всего стоит отметить, что из распределителя средств он превратился в контрольный орган. До сих пор в России существовала индустрия отдыха граждан за счет средств соцстраха. По оценкам экспертов, доля ФСС в загрузке многих санаториев и пансионатов составляла более 70%. Теперь организации сами закупают путевки для своих сотрудников, а соцстрах следит за тем, какую сумму организация израсходовала, и частично ее компенсирует. Доля соцстраха в загрузке санаторно-курортного комплекса уменьшается: люди, раньше ездившие на российские курорты за счет ФСС, теперь предпочитают обращаться в турфирмы [15, с.310].

Одной из наиболее острых проблем обязательного медицинского страхования является то, что программа ОМС исходит не из потребностей населения в медицинской помощи и из финансовых возможностей людей, а из жестких ограничений в объеме финансовых ресурсов. Это влечет за собой существенное снижение количества койко-дней пребывания больных в стационаре и фактически не гарантирует бесплатного обеспечения дорогостоящими видами медицинской помощи. Государственные обязательства по предоставлению бесплатной медицинской помощи финансируются лишь на 40-60% [15, с.305].

К сожалению, при поступлении средств ОМС в систему здравоохранения происходит сокращение бюджетного финансирования отрасли. Именно в связи с этим возникает проблема платежей на неработающее население. При таком сокращении в первую очередь страдают скорая и неотложная медицинская помощь и социально-значимые виды медицинской помощи.