Несмотря на кажущуюся слаженность работы механизмов таможенных органов, включая их специализацию, концентрацию и кооперирование необходимых для обеспечения таможенного дела, есть еще не мало нерешенных проблем. Во многом они обусловлены состоянием инфраструктуры общего пользования в целом по стране.

К примеру, многие таможенные посты, которые стали пограничными со странами СНГ, не оборудованы для надлежащего выполнения таможенного и пограничного контроля. Не хватает помещений служебно-производственного назначения, многие из имеющихся нуждаются в реконструкции, оборудовании и техническом оснащении, более половины площадей служебных зданий и сооружений таможенные органы арендуют. Наличие этих проблем свидетельствует о том, что организация и состояние таможенной и околотаможенной инфраструктуры, способствуют снижению специализации, кооперирования и концентрации в таможенном деле.

Одной из основных проблем существования и развития специализации в таможенном деле является низкое финансирование, а в некоторых случаях даже полное его отсутствие.

Развитие специализации, кооперирования, концентрации в таможенном деле должны быть одним из приоритетных задач таможенных органов РФ. Т.к. они помогают обеспечить сотрудничество и партнерство между таможенными органами, для реализации их общих интересов – ускорения движения товаров.[7]