Построение налоговой системы характеризуется наиболее значимыми функциональными внутренними взаимосвязями между ее элементами. Каковы эти взаимосвязи? Одним из основных условий эффективного функционирования любой системы является требование о том, что поведение каждого элемента может повлиять на функционирование ее в целом, но не может сделать это независимо от других элементов. Данное условие реализуется в налоговой системе в полной мере. Было бы ошибочным считать, что влияния, а также взаимосвязи ориентированы преимущественно от законодательства к налогам и далее к налогоплательщикам. Нет, налогоплательщики будут манипулировать своими обязанностями без включения ресурсов системы налогового администрирования, которое, в свою очередь, должно функционировать строго в соответствии с нормами и правилами, формируемыми нормативно-правовой базой, т.е. объектными элементами налоговой системы, иначе велика вероятность трансформации ее в систему налогового произвола. Таким образом, в налоговой системе должна проявляться определенная подчиненность субъектных элементов (налоговых администраций и налогоплательщиков) объектным элементам (законодательству, налогам).

Налогоплательщики могут в некоторой степени оказывать обратное воздействие на другие элементы налоговой системы, в частности обжаловать решения налоговых администраций, через избирательное право косвенно влиять на законодательство, трактовать все законодательные неясности в свою пользу, но они, безусловно, занимают наиболее подчиненное положение. Это обусловливается основным признаком налога — его обязательностью и доминирующей функцией налогового платежа — фискальной.

Наиболее значительное обратное влияние на законодательную базу оказывает налоговое администрирование, которое в процессе функционирования выявляет несоответствия и нестыковки налогового законодательства.

Налоговая система подвержена постоянному изменению под действием как внутрисистемных, так и внешнесистемных факторов (воздействий), т.е. она является не статической, а динамической системой.

Налоговая система РФ строится по территориальному принципу и состоит из трех уровней в зависимости от уровня управления процессом налогообложения: федеральный (на уровне РФ), региональный (на уровне республик в составе РФ, краев, областей, городов федерального значения) и местный (на уровне муниципальных образований). В связи с этим может возникнуть вопрос: можно ли рассматривать дробность налоговой системы страны по территориям? Думается, что такой подход не имеет под собой научной основы. В рамках территориальных образований на уровне субъектов и муниципалитетов нельзя выделять самостоятельные налоговые системы, так как они не будут отвечать всем ее свойствам и организационным принципам, в первую очередь принципу единства. Следовательно, налоговая система страны должна отвечать свойству целостности (неделимости) территориального построения.

По своей общей структуре, принципам построения и перечню налоговых платежей российская налоговая система в основном соответствует системам налогообложения юридических и физических лиц, действующим в странах с рыночной экономикой.