В случае с ипотечными ценными бумагами проблема асимметрии информации проявляется в том, что их эмитент имеет больше информации, чем инвестор, относительно качества предлагаемых ценных бумаг и стоящих за ними ипотечных кредитов. Отсутствие у инвесторов достаточного объема информации об ипотечных ценных бумагах может привести к тому, что они не решатся покупать ценные бумаги или потребуют повышения доходности по таким бумагам в качестве компенсации за риск. По мнению Юрия Туктарова, консультанта проект Международной финансовой корпорации (IFC) «СУПЕР», основное решение проблемы асимметрии информации состоит в установлении между выпусками ценных бумаг очередности исполнения обязательств.

Выпуск ипотечных ценных бумаг последней очереди представляет собой самый рискованный транш, на котором лежит риск неисполнения обязательств по ипотечным кредитам, входящих в состав ипотечного покрытия. Обычному инвестору трудно оценить качество всех ипотечных кредитов, стоящих за ипотечной ценной бумагой. Однако эмитент ценных бумаг может использовать сигналы о наличии высокого качества ипотечного покрытия. В частности, в международной практике инициатор рефинансирования ипотечных кредитов может приобрести весь выпуск последней очереди себе в собственность, показывая тем самым наличие у пула ипотечных кредитов приемлемого качества. Таким образом, эмиссия нескольких выпусков ипотечных ценных бумаг свидетельствует о качестве стоящего за ними ипотечного покрытия. Такой сигнал позволяет без каких-либо расходов со стороны инвесторов разрешить проблему с имеющейся на финансовом рынке асимметрией информации[15].