Примерно 60% площади Японии покрыто лесами. Флора Японии отличается большим видовым разнообразием и включает 2750 видов, в том числе 168 древесных пород. На Японских островах встречаются растения, характерные для тропической, субтропической и умеренной зон. На островах Рюкю (Нансей) распространены влажные тропические леса, в которых растут пальмы, древовидный папоротник циатея, саговник, многоплодник (подокарпус), банан, фикус и др., в горах – вечнозеленые дубы и такие тропические хвойные, как сосна акамацу, пихта мами, тсуга. Многочисленны лианы и эпифиты, главным образом папоротники. На Яку сохранились естественные леса из японской криптомерии, отдельным деревьям которой, достигающим 40–50 м в высоту и 5 м в диаметре, уже около 2000 лет. К северу от Японских Альп на Хонсю и в южной половине Хоккайдо простираются широколиственные листопадные леса. Несколько выше на горных склонах растут хвойно-широколиственные леса. Выше 500 м над уровнем моря на Хоккайдо эти леса сменяются елово-пихтовыми горнотаёжными. Некоторые горы на Хонсю, в том числе Фудзияма, и центральный горный массив на Хоккайдо вздымаются выше верхней границы леса. Но естественная растительность Японии сильно пострадала от деятельности человека. Леса, особенно на равнинах, вытеснены сельскохозяйственными угодьями. Дикая фауна сохранилась в основном в пределах многочисленных охраняемых территорий – в национальных парках, резерватах, заповедниках, морских парках. Многие леса вырублены и заменены посадками лиственницы, сосны, ели, а также криптомерии – хвойного дерева с густой и узкой кроной. Так же в Японии особое значение уделяется развитию рекреационных ресурсов. Вопросы культуры и эстетики ландшафта, декоративное садоводство, создание парков и заповедников, охрана памятников старины вошли в жизнь японского народа издавна. Сейчас в Японии имеется около 25 национальных парков. На развитие туризма приходится расплачиваться, сейчас высказывается озабоченность значительным повреждением естественной окружающей среды. Поэтому разрабатываются пути лучшего использования достопримечательностей природы, одновременно с её защитой и сохранением. Своих полезных ископаемых в стране мало, поэтому большую их часть приходится ввозить из-за границы. Для Японии характерны существенные различия животного мира разных островов, массовое распространение вплоть до 40 градусов с.ш. обезьян, значительное видовое разнообразие птиц. Кроме того, в Японии останавливается на пролете большое число перелетных пернатых. Пресмыкающиеся немногочисленны; ядовитых змей всего два вида, особенно опасен тригоноцефал. В жизни японцев велика роль морей, омывающих страну. Рыбу ловят в прибрежных водах, в Тихом, Индийском и Атлантическом океанах. Реки Японии многочисленны, но малопротяжённы. Крупнейшая из них – река Синако (367 км). Большинство рек – это бурные горные потоки, источники гидроэнергетики и воды для ирригации. Для судоходства реки непригодны.

Озёра в Японии двух типов: глубоководные горные и мелководные, расположенные на прибрежных низменностях. Обилие рек, озёр, подземных вод, которыми щедро награждена Япония, оказывает благотворное влияние на развитие сельского хозяйства и промышленности. Промышленное развитие страны вызвало серьёзные проблемы с загрязнением окружающей среды, что и привело к развитию программы за совершенствование контроля за состоянием природы. Страна бедна полезными ископаемыми, однако ведется добыча каменного угля, свинцовых и цинковых руд, нефти, серы, известняков. Ресурсы собственных месторождений малы, поэтому Япония — крупнейший импортер сырья.