Финансовый кризис 1998 года вызвал резкое ухудшение ликвидности и платежеспособности значительной части банков. Доля финансово стабильных банков в общем количестве действующих кредитных учреждений за первые 9 месяцев того года резко снизилась с 66 до 56,2%, а доля активов финансово стабильных банков в совокупных активах действующих кредитных организаций уменьшилась с 68,3 до 29,1%. Финансовую устойчивость сохранили те банки, у которых доля инвестиций в производство превышала вложения в спекулятивные операции. В основном этими банками оказались мелкие и средние региональные банки, которые ориентировались на постепенное привлечение клиентуры и небыстрый, эволюционный, качественный рост. Вместе с тем доля мелких и средних банков в совокупных активах банковской системы являлась незначительной: из-за небольшой финансовой мощности они объективно не могли осуществлять масштабной инвестиционной деятельности, хотя у многих средних и мелких банков показатели достаточности капитала оказались лучше, чем у крупных.

Важнейшей задачей следующего периода стало преодоление наиболее острых форм банковского кризиса. Благоприятные макроэкономические условия, усилия Банка России и Правительства, направленные на реструктуризацию банковской системы, позволили улучшить положение в банковской сфере. В марте 1999 г. в ее состоянии наметился перелом, характеризующий начало перехода от неустойчивого положения к относительной стабилизации.

Однако даже в настоящее время финансовых ресурсов банковской системы России явно недостаточно для эффективной поддержки реального сектора, удовлетворения потребностей всех отраслей экономики — в частности промышленности, которая (в отличие от банковской системы, характеризующейся преобладанием мелких и средних банков) является высококонцентрированной. Вместе с тем проблема заключается в том, что в сложившейся ситуации банки не осуществляют эффективного перераспределения даже доступного им инвестиционного потенциала.

В результате роста диспропорций между развитием реального и финансового секторов экономики формировались предпосылки не вовлечения, а, напротив, вытеснения банковского капитала из реальной сферы. Сложившаяся зависимость банков от рынка коротких денег при ухудшении финансового положения предприятий и организаций реального сектора экономики привела к накоплению кризисного потенциала. При этом сформировалась взаимосвязь между кризисными процессами в реальном и банковском секторах экономики. Ухудшение финансового положения нефинансовых предприятий и соответствующее сжатие средств на их банковских счетах повлекло за собой уменьшение ресурсной базы коммерческих банков и их вложений в производство. При снижении объема банковских инвестиций и кредитов происходило дальнейшее падение платежеспособности предприятий, что вызывало рост инвестиционных и кредитных рисков. В свою очередь, рост рисков являлся важнейшим фактором, дестимулирующим инвестиционную деятельность банков, поскольку при возрастании рисков усиливалось противоречие между активизацией инвестирования и задачей сохранения финансовой устойчивости банков, и возрастал разрыв между процентными ставками (при увеличении премии за риск, включаемой в процентную ставку) и рентабельностью производства.