Многочисленные специализированные комитеты и рабочие группы занимаются отдельными соглашениями системы ВТО и решением вопросов в таких областях, как защита окружающей среды, проблемы развивающихся стран, процедура присоединения к ВТО и региональные торговые соглашения.

Секретариат ВТО, который базируется в Женеве, имеет около 500 штатных сотрудников; его возглавляет генеральный директор. Секретариат ВТО, в отличие от подобных органов других международных организаций, не принимает решений, так как эта функция возлагается на сами страны-члены. Основные обязанности Секретариата – обеспечивать техническую поддержку различным советам и комитетам, а также Министерской конференции, оказывать техническое содействие развивающимся странам, проводить анализ мировой торговли и разъяснять положения ВТО общественности и средствам массовой информации. Секретариат также обеспечивает некоторые формы правовой помощи в процессе разрешения споров и консультирует правительства стран, желающих стать членами ВТО. На сегодняшний день таких стран насчитывается более двадцати [9,90].