Недостатками линейно-штабной структуры управления являются: недостаточно четкая ответственность штаба; появление тенденций к чрезмерной централизации.

Создание линейно-штабных структур есть первый шаг к функциональной специализации в управлении. Функциональная организационная структура управления требует создания подразделений для выполнения определенных функций на всех уровнях управления.

Функциональная специализация аппарата управления, а именно ей в последнее время начинают уделять все большее внимание в таможенных органах, повышает эффективность его деятельности. Вместо универсальных руководителей, которые должны разбираться в особенностях всех функций управления, появляется штат специалистов, имеющих высокую компетент­ность в своей области и отвечающих за определенное направ­ление деятельности- Так появляются функциональные службы, к которым в таможенных органах можно отнести кадровую службу (Управление кадров и учебных заведений ГТК РФ, отделы кадров и отделы подготовки кадров таможенных органов), финансовые службы, службы по борьбе с таможенными правонарушениями, службы материально-технического снабжения и др. В этих условиях приобретает важное значение функция управления деятельностью руководителей служб, т. е. организация межфункциональной координации управленческой деятельности.

К преимуществам функциональной организационной структуры управления можно отнести то, что она освобождает линейных руководителей от решения некоторых специальных вопросов; создает основу для использования в работе консультаций опытных специалистов; уменьшает потребность в специалистах широкого профиля.

К общим недостаткам такой структуры управления относятся: усложнение взаимосвязей; ухудшение координации; проявление тенденции к чрезмерной централизации и двойному подчинению сотрудников.

Программно-целевая организационная структура управления позволяет руководителю, ответственному за достижение поставленной цели, подчинить всех исполнителей, независимо от того, в каком подразделении они выполняют основную работу. По окончании работы все исполнители возвращаются в состав своих подразделений.

Создание программно-целевой структуры в таможенных органах считается целесообразным в случаях, когда в сжатые сроки необходимо создать оперативные группы для освоения новых технологий служебной деятельности, внедрения различных усо­вершенствований быстрого реагирования на изменения внешних и внутренних условий.

Преимущества программно-целевой структуры управления: лучшая ориентация на цели конкретной служебной деятельности; более эффективное текущее управление; более гибкое использование специальных знаний и компетентности отдельных исполнителей; развитие у работников навыков принятия решения, профессиональной и управленческой деятельности (в виду относительной автономности оперативных групп); улучшение контроля за выполнением отдельных задач служебной дея­тельности; возможность применения эффективных методов пла­нирования и управления.

Недостатками программно-целевой системы управления являются: необходимость постоянного контроля за "соотношением" сил между задачами управления по целям и функцио­нальным предназначениям подразделений; затруднения с уста­новлением четкой ответственности за работу по заданию под­разделения и выполнение функций по решению целевой задачи (наличие негативных явлений, связанных с двойным подчине­нием); возможные нарушения установленных правил работы, принятых в линейных и функциональных подразделениях, из-за длительного отрыва от них сотрудников, участвующих в работе целевых рабочих групп; необходимость адаптации сотрудников к новым условиям и приобретения ими навыков, необходимых для эффективной работы в составе оперативных групп; возможность возникновения конфликтов между руководителями линейных и функциональных подразделений и руководителями оперативных групп. Смешанные организационные структуры управления не лишены положительных сторон и недостатков всех названных выше структур.