Организационно-функциональная структура свободных экономических зон достаточно многообразна. Иногда довольно трудно классифицировать ту или иную свободную зону однозначно, поскольку они обладают чертами многих зон. Российскими специалистами разработана примерная классификация по признаку хозяйственной специализации - профилю деятельности большинства хозяйствующих в зоне фирм. Центральное место в классификации СЭЗ отводится зонам промышленной обработки. Они, в свою очередь, подразделяются на зоны замещения импорта или экспорта и экспортно-импортного замещения.

При организации свободных экономических зон используют два различных концептуальных подхода: территориальный и функциональный (точечный). В первом случае зона рассматривается как обособленная территория, где все предприятия-резиденты пользуются льготным режимом хозяйственной деятельности. Согласно второму подходу, зона - это льготный режим, применяемый к определенному виду предпринимательской деятельности независимо от местоположения соответствующей фирмы в стране.

Примером реализации первого подхода являются свободные экономические зоны Китая, зона «Манаус» (Бразилия), многие экспортно-производственные зоны в развивающихся странах. Результатом второго подхода являются «точечные» зоны, представленные отдельным предприятиям (оффшорные фирмы, магазины «дьюти фри»).

Одной из простейших форм свободных экономических зон являются свободные (беспошлинные) таможенные зоны (СТЗ). Эти зоны, как и свободные торговые зоны, относятся к зонам первого поколения. Они существуют с 17-18 века. Свободные таможенные зоны представляют собой транзитные или консигнационные склады для хранения, упаковки и незначительной обработки товаров, предназначенных для экспорта. Такие зоны часто называют бондовыми складами или свободными таможенными территориями. В них обычно открывают свои филиалы нерезидентные для данной страны предприятия-импортеры. Свободные таможенные зоны освобождаются от таможенных пошлин на ввоз и вывоз товаров. Они имеются во многих странах, но наиболее распространены в индустриально развитых странах.

Зоны свободной торговли (ЗСТ) также широко распространены в мире. Наибольшее развитие они получили в США. Их создание предусмотрено специальным законом США от 1934 г., целью которого было поощрение торговли, ускорение торговых операций, сокращение торговых издержек. Такие зоны представляют собой ограниченные участки территории США, в пределах которых установлен льготный, по сравнению с общим, режим хозяйственной, в том числе внешнеэкономической, деятельности. Законом было установлено, что при каждом официальном порте прибытия могут быть созданы одна или несколько внешнеторговых свободных зон.

В соответствии с существующим законодательством США свободные таможенные зоны, действующие на территории страны, подразделяются на зоны общего назначения и специализированные (субзоны). Зоны общего назначения занимают небольшое пространство (несколько кв. км) и находятся за пределами национальной таможенной территории. В них осуществляются операции по складированию и переработке ввезенных товаров (упаковка, сортировка, маркировка, доработка и т. п.).

Субзоны создаются для отдельных крупных компаний, деятельность которых выходит за рамки зон общего назначения. В субзонах производится экспортная или импортозамещающая продукция. Субзоны являются результатом того, где используются комбинации режимов зон свободной торговли и импортозамещающих производственных зон. К середине 90-х годов в США насчитывалось около 500 зон свободной торговли.К числу простейших зон свободной торговли можно отнести специальные магазины «дьюти фри» в крупных международных аэропортах. С точки зрения режима, они рассматриваются как находящиеся за пределами государственных границ. К зонам свободной торговли относятся также и традиционные свободные гавани (порты) с льготным торговым режимом.

Промышленно-производственные зоны относятся к зонам второго поколения. Они возникли в результате эволюции торговых зон, когда в них стали ввозить не только товар, но и капитал, заниматься не только торговлей, но и производственной деятельностью.Промышленно-производственные зоны создаются на территории со специальным таможенным режимом, где производится экспортная или импортозамещающая продукция. Эти зоны пользуются существенными налоговыми и финансовыми льготами. Наибольшее распространение, особенно в развивающихся странах, получили экспортно-производственные зоны (ЭПЗ). Современная модель таких зон берет начало от зональной структуры, созданной в 1959 г. в ирландском аэропорту Шэннон. Наибольший эффект от таких зон был получен в «новых индустриальных странах».Логика образования экспортно-производственных зон была предопределена экономической стратегией развивающихся стран, когда с середины 60-х годов возникла необходимость стимулирования промышленного экспорта и занятости за счет притока иностранных капиталов.