Наиболее действенным методом прямого регулирования НТП является финансирование. Мировая практика выделяет следующие основные источники финансирования инновационной сферы: государственные (бюджетные) ассигнования; средства внебюджетных фондов; собственные средства предприятий и организаций предпринимательского сектора; кредитные ресурсы; средства вузов; средства некоммерческих (бесприбыльных) организаций; иностранный капитал; частные сбережения населения.

В структуре внутренних затрат на исследование и разработки в РФ доминируют средства бюджета (до 50%), а также средства иностранных источников (до 20%). Определяющее значение для финансирования НТП имеют государственные ассигнования, которые производятся за счет бюджета, средств специальных фондов и государственных предприятий.

Формы и методы бюджетного финансирования НТП зависят от многих факторов, в том числе от приоритетности, от доли фундаментальных наук, а в рамках прикладных наук – от удельного веса долговременных исследовательских работ, решающих проблемы общенационального масштаба. Государственные источники финансирования инноваций в РФ по объемам затрат, несмотря на все изменения, остаются основными, хотя доля их уменьшается. Одним из новых направлений финансирования науки является грантовое финансирование. Гранты представляют собой денежные или иные средства, передаваемые безвозмездно и безвозвратно гражданам и юридическим лицам международными и отечественными негосударственными организациями на проведение конкретных научных исследований на условиях, предусмотренных грантодателями.

В развитых странах правительства в основном инвестируют развитие образования и фундаментальные исследования, а до 70% затрат на НТП осуществляется частным сектором. Так, в США некоторые корпорации вкладывают в исследования суммы, сопоставимые с государственными расходами: General Motors тратит 10 млрд долл., Ford – 7 млрд долл., IBM – 4 млрд долл. ежегодно. Собственные средства российских предприятий и организаций, предназначенных для научно-технического развития, то в настоящее время они сводятся к двум источникам: отчислениям от прибыли и амортизации основных фондов. В условиях экономической нестабильности большинство предприятий или имеет малую прибыль, или вообще ее не имеет, а амортизации не хватает даже для простого воспроизводства.

На протяжении нескольких лет различные исследователи предлагают создание специализированного инвестиционного банка инновационной сферы, контрольный пакет которого принадлежал бы государству. Пока в стране нет ни одного инвестиционного банка, а Российский банк развития был сориентирован на восстановление банковской сферы, а также на кредитование реального сектора.

Во многих странах действуют инновационные фонды (венчурные фирмы), которые не предоставляют ссуды, а приобретают у владельцев изобретений исключительное право на их использование. Фонды ищут заинтересованные в новшествах организации и заключают с ними предпринимательские договоры на условиях продажи лицензии или соглашения о сотрудничестве на основе разделения рисков и взаимной выгоды. Подобный фонд также проводит доработку нововведений, осуществляет расчеты, эксперименты и т.п. При отрицательном результате затраты венчурной фирмы не возмещаются, при успехе она получает обговоренную в договоре часть прибыли. По всей видимости, в случае создания полнокровной экономической системы такие фонды, банки будут играть более заметную роль в финансировании НТП, что вызовет отмирание административных форм воздействия на финансирование инновационного рынка.