Ведущая роль в управлении госимуществом принадлежит Федеральному агентству по управлению госимуществом Российской Федерации, которое наделяет унитарные предприятия имуществом, относящимся к федеральной собственности, согласовывает вопросы распоряжения недвижимым имуществом таких предприятий, ведет их реестр, решает проблемы реорганизации унитарных предприятий, осуществляет контроль за эффективностью использования имущества, закрепленного за унитарным предприятиям.

В связи с особой важностью поставленных перед Федеральным агентством задач руководители его структур на уровне субъектов Российской Федерации согласовываются главой администрации, законодательным органом и назначаются министром.

В РФ такой сложный порядок существует только при назначении руководителей структур МВД и Министерства финансов.

Отраслевые федеральные органы исполнительной власти утверждают уставы унитарных предприятий, назначают на должность (освобождают) их руководителей, заключают (расторгают) контракты с руководителями предприятий.

Если юридически права хозяйственного ведения предоставляют управляющему широкий круг полномочий по владению, пользованию, распоряжению имуществом, регулированию трудовых ситуаций, то вмешательство государственных органов в деятельность унитарных предприятий вне установленного круга полномочий является неправомерным.

Недостатки в управлении ГУП вытекают из-за несовершенства применяемого ко многим ГУП правового режима хозяйственного ведения. Собственник имущества, находящегося в хозяйственном ведении, в соответствии с законом решает вопросы создания предприятия, определения предмета и целей его деятельности, его реорганизации и ликвидации, назначает руководителя, осуществляет контроль за использованием по назначению и сохранностью принадлежащего предприятию имущества. Собственник имеет право на получение части прибыли от использования имущества, находящегося в хозяйственном ведении предприятия. Предприятие не вправе распоряжаться принадлежащим ему на праве хозяйственного ведения недвижимым имуществом без согласия собственника. Остальным имуществом оно распоряжается самостоятельно.

Во многом неэффективность системы управления ГУП, и, как следствие, их убыточность связана с неудовлетворительной деятельностью уполномоченных государственных органов по управлению ГУП. Функцию собственника от имени государства Федеральное агентство по управлению госимуществом, а также отраслевые министерства и ведомства. Эти органы, их руководители не несут никаких материальных издержек за недобросовестное выполнение своих функций и нанесение прямого ущерба, поскольку средства на их содержание выделяются из бюджета сполна. Следовательно, действующая система управления не предусматривает ни экономической заинтересованности этих органов в эффективном использовании госсобственности, ни их экономической ответственности за убыточную работу предприятий.

Для унитарных предприятий не предусмотрено обязательное проведение периодических аудиторских проверок, а в ряде случаев их организационно-правовая форма не приведена в соответствие с действующим законодательством, поскольку они созданы до принятия Гражданского кодекса. В частности, это относится к функционированию значительного количества унитарных предприятий в сельском хозяйстве.

До сих пор в стране отсутствует полный реестр унитарных предприятий. Поэтому ни Федеральное агентство по управлению госимуществом, ни региональные органы власти не имеют исчерпывающей информации об активах унитарных предприятий и основных показателях финансово-хозяйственной деятельности. С целью сокрытия доходов унитарных предприятий их руководители создают дочерние структуры, в которых концентрируется прибыль, и таким образом она выводится из-под контроля государства. Нередко руководство унитарного предприятия заключает такие договоры, в которых завышены себестоимость продукции, цена, что приводит к нанесению ущерба государству. Почти за десять лет руководители унитарных предприятий отвыкли от государственного контроля и ориентированы только на получение прибыли в частных интересах.

Действующая Концепция по управлению госимуществом предполагает совершенствование механизма управления унитарными предприятиями и учреждениями путем построения системы взаимоотношений их руководителей непосредственно с государственными органами, ответственными за госимущество.